Astro Coke

시스템에 여러 버전의 HDF5 가 설치되어 있는 경우, python 에서 h5py를 사용할때 맨 아래와 같은 에러가 발생하는 경우가 있다. 이때, HDF5 가 다중 설치되어 있는 것이 anaconda 같은 환경내에서라면 이 라이브러리를 지우고 다시 설치하면 문제가 해결될 것이다. e.g.) > conda uninstall hdf5 > conda install hdf5 > conda install h5py 하지만, 이 문제가 anaconda 환경 밖에 설치된 hdf5와 충돌이 일어나는 것이라면, 문제의 포인트가 다르다. 핵심 요인은 PATH환경변수의 우선순위!!! h5py는 anaconda 내의 hdf5 라이브러리와 연동이 되어야 하기때문에, python 사용시 anaconda의 path 가 다른 hdf5..

우선 hdf5 소스파일을 다운받는다. https://portal.hdfgroup.org/display/support/Downloads 압축을 풀고, 아래의 순서와 같이 설치하면 된다. 1) > export FC=gfortran > ./configure --enable-fortran --prefix=hdf_install_directory 2) > make > make check (optional) 3) > make install 이때 --prefix 로 설정된 폴더에 hdf5 가 생성되고 그 안에는 lib include bin share 서브폴더들이 설치된다. 4) .bashrc 에서 path에 위의 bin 폴더를 추가한다. ex) export PATH=hdf_install_directory/bin:$PA..

visual studio prompt를 이용해 접속한 윈도우에서는 -L 옵션이 ifort에서 인식되지 않는다. 이때에는 다음과 같이 적용할 수 있다. ifort test_hdf5.f90 -I"C:\Program Files\HDF_Group\HDF5\1.10.4\include\shared" -link -libpath:"C:\Program Files\HDF_Group\HDF5\1.10.4\lib" hdf5_fortran.lib ifort test_hdf5.f90 -I"C:\Program Files\HDF_Group\HDF5\1.10.4\include\shared" -link -libpath:"C:\Program Files\HDF_Group\HDF5\1.10.4\lib" hdf5_fortran.lib -L 에..

1) hdf5 source file을 다운 받는다 https://www.hdfgroup.org/downloads/hdf5/ binary 파일은 기본적으로 fortran 이 연동되어 있지 않으므로, 소스파일을 다운받아 설치를 해야 한다. 이때 cmake 를 이용한 소스파일을 다운 받는 것이 편하다. 2) cmake 가 설치되어 있지 않으면 설치한다. 3) 다운 받은 파일의 압축을 풀면 다음의 폴더가 생성된다. CMake-hdf5-xxx 4) 이 폴더안의 HDF5options.cmake 파일을 열어 fortran 을 enable 한다 #### fortran enabled #### set (ADD_BUILD_OPTIONS "${ADD_BUILD_OPTIONS} -DHDF5_BUILD_FORTRAN:BOOL=O..